Sehr geringe Pilzbesiedlungen kommen auch in einem gesunden Organismus vor. Diese stören im Allgemeinen nicht. Auch hier ist das Gleichgewicht - wie bei den Bakterien - von großer Bedeutung, denn eine Pilzinfektion, die Beschwerden macht, ist nur möglich, wenn es zu einer stärkeren Vermehrung und zur Entzündungsreaktion des Körpers kommt. Unser Organismus wird immer wieder mit Pilzen konfrontiert: Sie können im Mund und Magen-Darm-Trakt, aber auch in der Außenwelt vorkommen. Bei einer geschwächten körpereigenen Abwehr, z.B. durch eine Erkrankung, können Pilze leichter in den Organismus gelangen und sich dort ausbreiten.

Ein deutliches Anzeichen für eine Pilzinfektion ist Ausfluss. Sicher lassen sich Pilze aber nur von einem Arzt unter dem Mikroskop erkennen und durch das Anlegen einer Kultur eindeutig identifizieren, da die Erscheinungsformen der Pilze unterschiedlich sind.

Typischerweise sieht der Arzt für eine Diagnose einen "Pilzfaden" unter dem Mikroskop.