Der Arzt erkennt eine Nagelpilzinfektion oft bereits am charakteristischen Aussehen der Nägel. Für die genaue Diagnosestellung kann der Arzt verschiedene Untersuchungen durchführen. Dazu entnimmt der Arzt am Übergangsbereich zwischem gesunden und erkranktem Nagel eine Probe. Die Probe kann anschließend unter dem Mikroskop untersucht werden (der Arzt spricht von einem Nativpräparat). Werden unter dem Mikroskop Pilzfäden sichtbar, ist der Verdacht auf eine Pilzinfektion bestätigt. Im Nativpräparat ist es allerdings nicht möglich den genauen Errger zu bestimmen.

Hierzu legt der Arzt eine Pilzkultur an. Dazu gibt der Arzt pilzhaltiges Nagelmaterial in ein Plastikschälchen mit einem Nährboden, der den Pilz optimal wachsen lässt. Innerhalb von wenigen Tagen bis Wochen wächst in dem Schälchen ein stattliches Pilzgeflecht, das nun eine genaue Bestimmung des Erregers ermöglicht.